开启火红的二周目冒险，关键条件是通关一周目并收集至少60种宝可梦。当你击败四大天王和冠军后，系统会提示存档，重新加载存档时会发现自己站在真新镇的家中。这时候大木博士会主动上门找你，如果你的图鉴已记录60种以上宝可梦，他会帮你升级为全国图鉴，这就是二周目正式开始的信号。
升级图鉴后，你会发现原本的四大天王暂时无法挑战，因为冰系天王科拿外出旅行了。这时候需要前往枯叶市的码头，用船票乘船前往七岛区域。在一之岛的精灵中心会遇到之前修理机器的NPC，他会告诉你设备需要红宝石才能运行。接着你要去灯火山，在右侧洞穴击败两名火箭队残党并取得红宝石，交还后获得彩虹通行证，解锁七岛之间的自由通行权限。
从四之岛开始，你会发现科拿的住所就在岛上，但需要先解决火箭队的阴谋。通过冲浪和攀瀑进入冰洞深处，帮助科拿击败火箭队后，她会透露五之岛有火箭队仓库。这里需要找到蓝宝石，流程类似红宝石的获取方式——在六之岛的标记森林深处洞穴按特定顺序掉入坑洞，但宝石会被NPC抢走并留下仓库密码。
最后带着密码进入五之岛的火箭队仓库夺回蓝宝石，交还给一之岛的NPC即可完成主线。七岛剧情全部解锁，可以返回关都地区探索新内容，比如华蓝市的华蓝洞窟能捕捉超梦，或者挑战训练师塔提升实力。记得随时检查图鉴进度，二周目的隐藏要素会随着收集进度逐步开放。
整个流程的核心就是60种图鉴+七岛任务链，只要按步骤推进，你就能体验到完整的二周目内容。如果中途卡关，不妨多和NPC对话获取线索，或者回头检查之前遗漏的区域。
